Iako je Matija Vlačić u misaonim krugovima zapadne civilizacije našao svoje nezaobilazno mjesto na području biblijske hermeneutike i egzegeze, nedvojbeno je da mu gotovo ista važnost pripada i u promišljanju pitanja antroplogogije, osobito one teološke. Jer, u središtu njegove pozornosti stoji prije svega čovjek u njegovoj biti, čovjek kao Božje stvorenje, kao Božji dar, koji je izvorno bio dobar, ali je istočnim grijehom na neki način postao izvorno zao. Ova misao njega uvijek nanovo zaokuplja, i to u kontekstu reformacijskog pitanja o razorenosti čovjekove biti u padu. Rabeći pritom skolastičnu terminologiju, Vlačić se možda i protiv svoje volje i nesvjesno dao uvući u filozofijsko razglabanje pitanja supstancije i akcidenta, koje onda prenosi na teologijsko područje, želeći razjasniti svoje stajalište o supstancijalnoj, a na akcidentalnoj razorenosti, pokvarenosti čovjekove biti istočnim grijehom. Vlačić je, naime, radikalan i neumoljiv u svom stajalištu da je čovjek nakon pada supstancijalno razoren, da je njegova egzistencija «malum positivum», koliko god on bio otvoren i za novo rođenje. A ovo prije svega zbog Božje milosti i gotovo pasivne otvorenosti prema njoj. Osobito su grijehom uništeni njegov razum i njegova volja, u bitnome su nemoćni, njihova se slabašna moć iscrpljuje na području tjelesnosti i umske ograničenosti. Zbog ovog stajališta on se sukobljavao ne samo s Rimskom crkvom, nego i s mnogim kontrahentima iz njegova reformacijskog okružja, osobito sa Strigelom. Pritom je u svom radikalizmu nerijetko ostajao usamljen, iako je uvijek nanovo i sebe i druge uvjeravao da se u svom mišljenju može pozivati i na Pismo i na predaju (osobito na Augustina) i na Luthera, pa čak i na grčku, rimsku i skolastičnu filozofiju.